残留農薬研究所では、2004年に設置した動物実験倫理委員会の活動をさらに強化して2012年より動物実験委員会へと発展させ、動物の愛護と福祉に配慮した試験研究の実施を推進し、2015年には実験動物の愛護に関する認証プログラムである国際実験動物ケア評価認証協会(AAALAC International)の完全認証を取得いたしました。
AAALAC International サイト（日本語）より、認証状況を確認することができます。
動物実験委員会
残留農薬研究所で実施する試験研究は、動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年10月1日総理府法律第105号）、実験動物の飼養及び保管並びに苦痛の軽減に関する基準（平成18年4月28日環境省告示第88号）を始めとした動物実験に関する法律を遵守し、動物実験の適正な実施に向けたガイドライン（日本学術会議）及び米国実験動物研究協会Institute for Laboratory Animal Research（ILAR）の実験動物の管理と使用に関する指針（Guide for the care and use of laboratory animals）に準拠して行われます。
動物実験委員会は、これらのガイドラインに基づいて動物福祉の基盤となる3R、すなわち使用する動物数の削減（Reduction）、代替試験法の利用（Replacement）及び苦痛の軽減を中心とした実験の洗練（Refinement）に配慮した実験が行われるように、監視と指導を行っています。
